Năm 2010, Mikhail Mishustin được bổ nhiệm làm người đứng đầu Cục Thuế Liên bang Nga. Ở vị trí này, ông tuyên chiến với "dữ liệu bẩn" và bắt đầu khắc phục các vấn đề với việc hoàn thuế VAT không chính đáng.[12][13]

Sau nỗ lực của ông cho việc này, các doanh nhân đã bày tỏ hy vọng rằng ông, một người xuất phát từ kinh doanh sẽ "thân thiện" hơn với các doanh nhân Nga. Mishustin ủng hộ việc đơn giản hóa hoạt động giữa các doanh nghiệp và công dân với cơ quan thuế. Để thuận tiện cho công việc của mọi người và cuộc chiến chống tham nhũng, Mishustin phát biểu ông dự định phát triển các dịch vụ điện tử trong dịch vụ thuế Liên bang càng nhiều càng tốt.[14][15]

Ngoài Thông tin hóa, dịch vụ thuế Liên bang dưới sự lãnh đạo của Mishustin đã bắt đầu làm việc theo các tiêu chuẩn mới để phục vụ người nộp thuế. Đặc biệt, để thuận tiện cho công dân, giờ mở cửa kiểm tra đã được kéo dài. Năm 2015, trung tâm liên lạc Liên bang bắt đầu làm việc.[16][17]

Trong giai đoạn này, dịch vụ thuế đã bị chỉ trích vì cách tiếp cận quá nghiêm ngặt đối với kinh doanh, Mishustin đã bác bỏ cáo buộc này, với lý do giảm đáng kể số lượng thanh tra. Vì vậy, với vai trò mới của Mishustin vào năm 2010, dịch vụ thuế Liên bang đã thay đổi cách kiểm soát, tập trung vào công việc phân tích. Do đó, số lượng kiểm toán thuế tại chỗ đã giảm mạnh, trong khi hiệu quả của chúng tăng lên. Nếu trước đó, cứ mỗi người nộp thuế thứ mười bị kiểm tra thì đến năm 2018, cơ quan thuế chỉ kiểm tra một công ty kinh doanh nhỏ trong số 4.000 công ty. Số lượng kiểm tra của các doanh nghiệp lớn và vừa cũng giảm đáng kể.[18][19][20]

Là người đứng đầu Dịch vụ Thuế Liên bang, Mishustin nổi tiếng là một nhà kỹ trị lành nghề.[21][22]